MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lactococcus lactis subsp. lactis CV56 plasmid pCV56C

Total Repeats: 199

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017484	TCC	2	6	8	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017484	AAATC	2	10	21	30	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017484	TGT	2	6	63	68	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017484	TCA	2	6	69	74	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017484	TCA	2	6	87	92	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017484	ACT	2	6	97	102	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017484	AAT	2	6	107	112	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017484	AAAGTT	2	12	128	139	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017484	CATAA	2	10	163	172	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017484	T	6	6	186	191	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017484	TGA	2	6	198	203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017484	AGG	2	6	217	222	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017484	A	7	7	275	281	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017484	T	7	7	350	356	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017484	T	7	7	397	403	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017484	AT	3	6	419	424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017484	TCAAT	2	10	611	620	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017484	A	7	7	660	666	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017484	A	7	7	668	674	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017484	AT	4	8	698	705	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017484	A	8	8	730	737	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017484	A	6	6	776	781	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017484	A	6	6	798	803	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017484	A	6	6	820	825	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017484	TAA	2	6	873	878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017484	TCT	2	6	906	911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017484	TAT	2	6	2917	2922	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017484	GTT	2	6	3049	3054	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017484	ATT	2	6	3073	3078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017484	T	6	6	3077	3082	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017484	A	6	6	3090	3095	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017484	T	6	6	3101	3106	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017484	A	6	6	3119	3124	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017484	A	6	6	3142	3147	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017484	TCAC	2	8	5205	5212	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017484	ATTTT	2	10	5230	5239	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017484	TATTTT	2	12	5257	5268	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017484	TGG	2	6	5269	5274	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017484	A	7	7	5297	5303	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017484	T	6	6	6708	6713	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017484	A	6	6	6750	6755	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017484	TCA	2	6	6778	6783	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017484	T	7	7	8011	8017	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017484	CCT	2	6	8038	8043	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_017484	TA	3	6	11515	11520	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017484	CTA	2	6	11529	11534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017484	AAT	2	6	11573	11578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017484	TTG	2	6	11618	11623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017484	TGT	2	6	11632	11637	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017484	TAT	2	6	11648	11653	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017484	T	6	6	11666	11671	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017484	TCA	2	6	11859	11864	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017484	GTT	2	6	11877	11882	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017484	GTT	2	6	11894	11899	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017484	TCT	2	6	11925	11930	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017484	A	6	6	12025	12030	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017484	T	6	6	12061	12066	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017484	CTT	2	6	12082	12087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017484	TCA	2	6	12174	12179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017484	ATA	2	6	12180	12185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017484	TCT	2	6	12282	12287	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017484	T	7	7	12287	12293	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017484	ATG	2	6	12314	12319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017484	GTCC	2	8	12349	12356	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017484	TCA	3	9	12381	12389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017484	T	6	6	12420	12425	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017484	AG	3	6	12427	12432	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017484	AAT	2	6	12536	12541	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017484	GA	3	6	12547	12552	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017484	T	6	6	12578	12583	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017484	TGT	2	6	12599	12604	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017484	CTT	3	9	12706	12714	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017484	T	6	6	12746	12751	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017484	TGT	2	6	12767	12772	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017484	CTT	3	9	12874	12882	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017484	T	6	6	12938	12943	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017484	TA	3	6	12946	12951	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017484	AAAC	2	8	12958	12965	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017484	T	6	6	13010	13015	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017484	TTC	2	6	13019	13024	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017484	TTA	2	6	13049	13054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017484	ACA	2	6	14432	14437	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017484	AGG	2	6	14457	14462	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017484	AAT	2	6	17458	17463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017484	GAC	2	6	17514	17519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017484	AAC	2	6	17554	17559	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017484	A	7	7	17589	17595	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017484	GCA	2	6	17777	17782	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017484	CAA	2	6	17825	17830	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017484	ATG	2	6	17837	17842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017484	TAG	2	6	17862	17867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017484	CAAA	2	8	17879	17886	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017484	ATC	2	6	17894	17899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017484	TCA	2	6	17901	17906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017484	TAAA	2	8	17940	17947	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017484	ACC	2	6	17951	17956	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_017484	GGT	2	6	17960	17965	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017484	A	6	6	18015	18020	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017484	A	7	7	18047	18053	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017484	TTA	2	6	18108	18113	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017484	AGT	2	6	18175	18180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017484	AAG	2	6	18182	18187	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017484	TC	4	8	18253	18260	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_017484	ATC	2	6	18261	18266	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017484	TAACT	2	10	18289	18298	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017484	ATA	2	6	18319	18324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017484	T	6	6	18348	18353	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017484	TTAAC	2	10	18364	18373	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017484	TTG	2	6	18398	18403	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017484	ATG	2	6	18427	18432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017484	ATTT	2	8	18457	18464	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017484	AAT	2	6	18515	18520	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017484	AAAT	2	8	18525	18532	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017484	A	6	6	18540	18545	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017484	A	7	7	18630	18636	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017484	AGA	2	6	18638	18643	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017484	TCC	2	6	20748	20753	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_017484	AATG	2	8	20756	20763	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017484	TCTA	2	8	20774	20781	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017484	TA	4	8	20780	20787	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017484	GAA	2	6	20834	20839	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017484	A	7	7	20841	20847	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017484	CTA	2	6	20874	20879	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_017484	AAT	2	6	20893	20898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017484	AGG	2	6	20912	20917	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017484	TTTA	2	8	21634	21641	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017484	TGTA	2	8	21662	21669	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017484	TTAT	2	8	21710	21717	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017484	TCA	2	6	21739	21744	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017484	A	6	6	21751	21756	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017484	A	6	6	21839	21844	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017484	A	6	6	21867	21872	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017484	AG	3	6	21876	21881	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017484	TTC	2	6	23156	23161	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017484	T	6	6	23162	23167	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017484	ATT	2	6	23175	23180	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017484	ATTAA	2	10	23186	23195	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017484	CTAT	2	8	23204	23211	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_017484	TTA	3	9	23215	23223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017484	TA	3	6	23275	23280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017484	AAC	2	6	23294	23299	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017484	T	6	6	23429	23434	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017484	TGC	2	6	23443	23448	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017484	TAG	2	6	23494	23499	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017484	TGAG	2	8	23511	23518	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017484	TAA	2	6	23623	23628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017484	A	6	6	23948	23953	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017484	T	7	7	23963	23969	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017484	A	7	7	24010	24016	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017484	TCT	2	6	24042	24047	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_017484	TAA	2	6	24069	24074	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017484	TAC	2	6	24075	24080	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_017484	AAT	2	6	25434	25439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017484	TTA	2	6	25449	25454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017484	TAG	2	6	25465	25470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017484	AGA	2	6	26087	26092	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017484	CGT	2	6	26108	26113	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_017484	TGA	2	6	26332	26337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017484	TA	3	6	26378	26383	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017484	CAG	2	6	26405	26410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_017484	GTG	2	6	26430	26435	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017484	CT	3	6	26751	26756	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
163	NC_017484	T	6	6	26756	26761	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017484	TAA	2	6	26806	26811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017484	ATT	2	6	26831	26836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017484	AGAAA	2	10	26872	26881	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017484	A	6	6	26879	26884	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017484	TAT	2	6	26902	26907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017484	ATTA	2	8	26921	26928	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017484	T	6	6	26944	26949	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017484	TTA	2	6	26985	26990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017484	TAA	2	6	26992	26997	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017484	TA	4	8	27011	27018	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017484	GAA	2	6	27028	27033	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
175	NC_017484	A	7	7	27035	27041	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017484	TA	3	6	27257	27262	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_017484	TAA	2	6	27314	27319	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_017484	TAA	2	6	27323	27328	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_017484	AGA	2	6	27333	27338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
180	NC_017484	A	7	7	27374	27380	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_017484	ATT	2	6	27383	27388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017484	TTG	2	6	27449	27454	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017484	TCGA	2	8	27494	27501	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
184	NC_017484	T	7	7	27673	27679	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_017484	AATT	2	8	27699	27706	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_017484	TTA	2	6	27712	27717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_017484	TTG	2	6	27736	27741	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
188	NC_017484	CAA	2	6	27771	27776	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
189	NC_017484	TA	3	6	27777	27782	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_017484	TGA	2	6	27791	27796	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
191	NC_017484	AGG	2	6	27802	27807	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017484	CTT	2	6	28786	28791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
193	NC_017484	ATT	2	6	30999	31004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_017484	AAT	2	6	31020	31025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_017484	T	6	6	31057	31062	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_017484	CTT	2	6	31067	31072	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
197	NC_017484	CTT	2	6	31096	31101	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
198	NC_017484	GAAAAA	2	12	31113	31124	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
199	NC_017484	CAT	2	6	31129	31134	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.